Bei der Therapie von Funktionsstörungen des Kauorgans hat die Aufklärung des Patienten neben der Selbstbeobachtung eine wichtige Bedeutung. Ein weiteres Therapiemittel sind sogenannte Aufbissschienen. Diese abnehmbaren meist aus Kunststoff gefertigten funktionstherapeutischen Geräte werden im Unter- oder im Oberkiefer eingesetzt und dienen der Entspannung der Muskulatur und entlasten somit die Gewebe. Der Patient kann diese Schiene wie eine Zahnspange einsetzen.
Außerdem gibt es je nach Indikation noch viele weitere Behandlungsmöglichkeiten: Aqualizer (vorgefertigte flüssigkeitsgefüllte Gelkissen), Physiotherapie, Akupunktur, Stressverarbeitungstechniken (z. B. autogenes Training) etc., die im Einzelfall mit dem Zahnarzt abzustimmen sind.

Um das Risiko von Funktionsstörungen schon im Vorfeld zu verringern, müssen Füllungen, Inlays und Zahnersatz vom Zahnarzt harmonisch in die Zahnreihe eingefügt werden. Die "neuen Zähne" dürfen deshalb beim Zubiss und beim Kauen nicht stören. Werden die "neuen Zähne" im Labor hergestellt, ist ein Vermessen des Kiefers wichtig(Gesichtsbogenübertragung u. a.).

Die Kosten für die Funktionstherapie richten sich nach dem Aufwand. Zusätzlich können Laborkosten entstehen. Die gesetzlichen Krankenkassen beteiligen sich auch bei medizinischer Notwendigkeit in der Regel nicht an den Kosten.