Ist die Karies bis zum Zahnmark fortgeschritten oder wird eine schon lange bestehende chronische Entzündung des Zahnmarks aktiv, geht das häufig mit den heftigsten Zahnschmerzen einher. Je nach Zerstörungszustand des Zahnes kann eine Wurzelbehandlung zur Erhaltung des Zahnes sinnvoll sein. Die Langzeitprognose einer Wurzelbehandlung ist von vielen Faktoren abhängig.

Es ist das Ziel jeglicher Therapie, den kompletten Hohlraum im Zahninneren bis hin zur Zahnwurzelspitze vollständig von Gewebe und Bakterien zu befreien. Dazu wird zunächst ein Loch in den Zahn gebohrt, um den Hohlraum zu erreichen. Im Anschluss wird versucht, mit kleinen Nadeln die Zahnwurzel von innen sauber zu schaben. Im Inneren der Zahnwurzeln befindet sich ein sehr verzweigtes Netz von kleinsten Verästelungen. Mit Nadeln alleine lässt sich dieser Raum nicht vollständig erreichen. Deshalb werden zusätzlich antibakterielle Spüllösungen verwendet, mit denen eine Keimfreiheit im gesamten Wurzelkanalsystem erreicht werden soll.

Nach einer Wurzelkanalbehandlung erfolgt die Wurzelkanalfüllung. Der perfekt gereinigte und desinfizierte Wurzelkanal wird wieder verschlossen. Da ein komplexes System, wie das Wurzelkanalsystem, nicht zu 100 Prozent von Bakterien befreit werden kann, ist das Ziel der Wurzelkanalfüllung, möglichst alle Hohlräume des Wurzelkanalsystems zu verschließen, um eventuell verbliebenen Bakterien keine Stoffwechelmöglichkeit zu bieten, so dass diese auch in Zukunft keine Entzündung verursachen können.

Die Wurzelspitzenresektion (WSR) bedeutet: operative Entfernung der Wurzelspitze eines Zahnes. Die WSR ist die letzte Möglichkeit der Zahnerhaltung, wenn alle nicht-operativen Wurzelkanalbehandlungen erfolglos waren oder keinen Erfolg versprechen (z. B. bei abnormen Wurzelkrümmungen, Zystenbildungen oder in der Folge von Zahnwurzelbrüchen). Nicht-chirurgische Wurzelbehandlungen werden wegen verbesserter Techniken zunehmend Erfolg versprechender. Deswegen nimmt die Notwendigkeit der chirurgischen Wurzelbehandlung kontinuierlich ab.